Le célèbre architecte écossais Robert Adam considérait ce temple comme l’un des plus beaux monuments européens. De plan rectangulaire, le temple servait à la glorification du culte de Jupiter. Il reposait sur un podium surélevé avec devant l’entrée un portique à six colonnes. Les reliefs du portail comme la vouté à demi-tonneau et caissons ont influencé l’architecture du début de la Renaissance des artistes Andrija Aleši et Nicolas le Florentin.

La transformation du temple en baptistère apparait durant l’Antiquité tardive quand, sous le bâtiment, on creuse une crypte dédiée à saint Thomas. Dans l’ancien temple au début du XIIIe s. on installe des fonds baptismaux formés de plaques de chancel d’autel (XIe s.), originairement situées dans la cathédrale. Sur l’une des plaques figure une effigie d’un roi croate (Petar Krešimir IV, ou Zvonimir), la plus ancienne représentation d’un roi européen dans la sculpture médiévale en pierre.

Dans le baptistère aujourd’hui domine la sculpture sécessionniste représentant saint Jean-Baptiste, d’où le nom du temple après transformation, œuvre d’Ivan Meštrović. Devant le temple-baptistère on a placé l’un des quelques sphinx en granit partiellement ou entièrement conservés et que Dioclétien avait fait venir d’Egypte. L’entrée (payante) est aujourd’hui accessible aux visiteurs.